Theo lịch sử chánh thức của triều đình Việt Nam (Khâm Định Việt Sử) thì từ năm Nguyên-hòa nguyên niên đời vua Trang-tông nhà Lê (1533) có chiếu chỉ cấm đạo Công Giáo ở Việt Nam. Chiếu chỉ này đã đề cập đến một người Tây phương tên I-Hi-Khu đã rao giảng đạo Thiên Chúa ở huyện Giao Thủy và Nam Chân tỉnh Nam Sơn (nay là Nam Định).
Đây là một giai đoạn xáo trộn về chính trị với sự phân tranh lãnh thổ: Nhà Mạc ở miền bắc và Nhà Lê ở miền nam (1527-1592); đất nước được thống nhất trên danh nghĩa dưới Triều Lê nhưng trên thực tế đã chia ra làm Đường Ngoài (miền bắc) thuộc chúa Trịnh và Đường Trong (miền nam) thuộc chúa Nguyễn (1592-1788).
Sử liệu không nói rõ là I-Hi-Khu đã bị trục xuất ngay lúc đó hay vẫn còn ở lại và tiếp tục chức vụ truyền giáo. Vào năm 1583, một phái đoàn gồm 8 linh mục dưới sự hướng dẫn của Cha Diego d'Oropesa đã đến viếng Việt Nam theo lời mời của vua Mạc Mậu Hợp. Phái đoàn đã đi từ Manila đến Quảng Yên và dùng đường thủy để đến thủ đô Thăng Long (Hà Nội). Dọc đường, tàu của họ đã bị một trận cuồng phong làm lạc hướng. Linh mục Bartholomeo Ruiz, một thành viên của phái đoàn trên trở lại Việt Nam năm sau và được quốc vương tiếp đón nồng hậu. Ông được nhà vua cho phép ở lại để truyền giáo.
Cha Ruiz và một số các linh mục Công Giáo, đa số là người Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha, đã đến Việt Nam trong thời gian này. Họ đã hoạt động tích cực và đem những nhân vật cao cấp của chính quyền trong đó có Công Chúa Regent Mai Hoa trở lại đạo. Dầu vậy, ảnh hưởng của họ không được sâu rộng lắm trong quần chúng Việt Nam. Nguyễn Hữu Trọng, trong luận án tiến sĩ của ông dưới tựa đề "Nguồn gốc của hàng giáo phẩm Việt Nam" (Les Origines Du Clergé Vietnamien), đã viết như sau: "Nếu chúng ta xem xét những thành quả của việc truyền giáo trong giai đoạn tiên khởi này, chúng ta phải nhìn nhận rằng nó đã thành tựu một cách khiêm nhường. Có vài người chịu phép rửa tội (báp-têm), chưa đủ để tạo dựng một cộng đồng Cơ Đốc có thể gây dựng một Hội thánh tương lai".
Mãi cho đến năm 1624, khi một giáo sĩ người Pháp, một học giả tài ba lỗi lạc là Cha Đắc Lộ hay Alexandre de Rhodes đến Việt Nam, việc truyền giáo mới chuyển qua một khúc quanh quan trọng. Ông hoạt động cả miền bắc lẫn miền nam (Đường Ngoài và Đường Trong) trong 22 năm. Ông thành thạo ngôn ngữ, lịch sử và địa lý Việt Nam, nhất là đã hoàn tất việc chuyển đổi chữ viết Việt ngữ bằng cách dùng mẫu tự La-tinh. Với vài thay đổi và tu chỉnh sau này, Việt ngữ do ông soạn thảo đã thay thế chữ nho để trở thành quốc ngữ vào cuối thập niên 1910.
Linh mục Đắc Lộ trở về Ba-lê vào năm 1649. Ông thành lập Hội Thừa Sai (Societé des Missions Etrangères) để khuyến khích các nhà truyền giáo người Pháp đến vùng Viễn Đông. Vì thế, các giáo sĩ người Pháp càng ngày càng gia tăng và đã trở thành một thành phần nòng cốt của các giáo sĩ Công Giáo ở Việt Nam. Theo Đào Duy Anh, tác giả của quyển Việt Nam Văn Hóa Sử Cương, vào năm 1680, khoảng 30 năm sau khi Hội Truyền Giáo Hải Ngoại được thành lập, Giáo Hội Công Giáo Việt Nam cho rằng có đến 600.000 giáo dân ở miền nam (Đường Trong) và 200.000 ở miền bắc (Đường Ngoài). Các con số này không được xác nhận và dường như hơi cao hơn trên thực tế, vì sau hơn một thế kỷ, con số giáo dân trong toàn quốc sau nhiều lần tăng gia và phát triển đã không vượt quá 320.000 (theo Linh mục Phan Phát Huồn, một sử gia Công Giáo).
Hoạt động truyền giáo của Công Giáo vào cuối thế kỷ thứ 17 đến thời đại vua Gia Long năm 1802 thường gặp khó khăn. Sự thăng trầm này thường bắt đầu và chấm dứt với việc lên ngôi hay băng hà của các vị vua có thiện cảm hay ác cảm với tôn giáo nầy. Trong nhiều trường hợp, việc này tùy thuộc vào sự thay đổi quan điểm của các vị vua hoài nghi. Điển hình là trong đời chúa Trịnh Tráng, các linh mục Bồ Đào Nha được phép theo ông trong chuyến chinh phục miền nam để giảng đạo. Họ được phép mở các nhà thờ ở Hà Nội và các thành phố miền bắc khác. Nhưng khi ông biết rằng những đặc ân ông dành cho các giáo sĩ Bồ ĐàoNha đã không mang lại lợi lộc trong việc trao đổi kinh tế với nước này, Trịnh Tráng quyết định trục xuất các nhà truyền giáo. Ở miền nam, Cha Đắc Lộ là giáo sĩ đầu tiên tiếp kiến chúa Công Thương Vương, được người chấp nhận lễ vật và được phép kiều ngụ trong xứ. Tuy vậy chúa Công Thương Vương đã ra lệnh hành quyết 3 Thánh tử đạo là An-rê, Inhaxo, và Vinh Sơn cùng nhiều giáo dân khác (1644-1645).
Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ và Nguyễn Lữ, ba anh em Nhà Tây Sơn (1788-1802), đã thống nhất sơn hà, dẹp bỏ chế độ cai trị của các Lãnh chúa ở miền bắc lẫn miền nam và chấm dứt chế độ nhà Lê. Mặc dù các vị vua nhà Tây Sơn không chống đối đạo Công Giáo, đa số các nhà truyền giáo đã phải rời bỏ Việt Nam vì chiến tranh. Trong thời gian này, hoạt động của các nhà thờ Công Giáo không được ghi chép đầy đủ. Học giả Trần Trọng Kim đã viết trong quyển Việt Nam Sử Lược rằng "trong thời Tây Sơn, vì đất nước bất yên, triều đình chú tâm vào việc chiến tranh và Công Giáo không bị cấm".
Chánh sách dễ dãi với Công Giáo này đã dần dần thay đổi trong những năm cuối. Lúc đầu quân lính Tây Sơn không có thiện cảm với các tôn giáo, họ không giúp đỡ các chùa, đền hay nhà thờ và Công Giáo cũng được coi như các đạo khác. Khi Giám mục Bá Đa Lộc thành Adran công khai ủng hộ Hoàng tử Nguyễn Ánh, đối thủ chánh của nhà Tây Sơn, chính quyền trong nam dưới thời Nguyễn Lữ, em của Hoàng Đế Quang Trung, bắt đầu bắt bớ Công Giáo: nhà thờ bị tàn phá, các giáo chức người Việt phải lẩn trốn trong rừng.
Trong 9 năm dưới thời Tây Sơn, số giáo dân giảm đi từ 100.000 xuống còn 60.000 ở miền nam. Tuy nhiên, nhiều bằng cớ cho biết sự sút giảm này là do ảnh hưởng tàn phá của chiến tranh đã làm cho dân số giảm xuống hơn là sự đàn áp của chánh quyền Tây Sơn.
Cuối cùng, Nguyễn Ánh đã thành công trong việc diệt trừ được nhà Tây Sơn, lên ngôi lấy danh hiệu là Gia Long. Trong thời gian 18 năm đời vua Gia Long, Công Giáo được yên ổn và phát triển dù rằng nhà vua không theo đạo. Ông cũng không ban đặc ân nào cho Giáo hội. Ông thường biểu lộ lòng biết ơn đối với các nhà truyền giáo nhất là Giám mục Bá Đa Lộc, người đã hết lòng giúp đỡ nhà vua (dù rằng sau này Giám mục Bá Đa Lộc bị mất chức) cho đến khi ông qua đời. Trong đời vua Gia Long, Giáo Hội Công Giáo có 320.000 giáo dân, 119 Linh mục Việt Nam, 15 nhà truyền giáo ngoại quốc và 3 Giám mục. Điều đáng chú ý là 80 % các Linh mục và Giáo chức Việt Nam đều ở miền Bắc.
Sau khi vua Gia Long băng hà, Giáo hội Công Giáo chỉ được một thời gian yên ổn ngắn ngủi, từ năm 1820-1833, sau đó đã trải qua một thời kỳ đen tối nhất trong lịch sử dưới thời vua Minh Mạng, Thiệu Trị và Tự Đức (1833-1883). Vua Minh Mạng đã ra chiếu chỉ cấm đạo Công Giáo trong toàn lãnh thổ vào ngày 6 tháng giêng năm 1833. Lịnh cấm chỉ này được các vua Thiệu Trị và Tự Đức theo đuổi: các nhà truyền giáo vào lãnh thổ bất hợp pháp để rao giảng đạo sẽ bị xử tử; các linh mục Việt Nam không bỏ đạo sẽ bị khắc chữ vào mặt và lưu đày; giáo dân bị cấm không được theo đạo, tuy nhiên họ không bị ám hại. Rất nhiều giáo sĩ ngoại quốc, nhiều giáo chức Việt Nam bị giết vì chính quyền địa phương tố cáo họ là những người nằm vùng, chính quyền trung ương càng tình nghi họ nhiều hơn, lại thêm các nhóm chống đối (chống Pháp) địa phương cũng nghi kỵ họ. Mãi đến khi hòa ước năm 1862 và 1874 ra đời, Việt Nam bị áp lực phải thâu hồi các lệnh cấm trên. Một sử gia Việt Nam, ông Phan Thanh Khôi đã viết: "Các vị vua Việt Nam đã chống đối Công Giáo không phải vì họ có chủ trương thái quá nhưng vì họ muốn bảo vệ sự thuần nhất của dân tộc về chính trị cũng như về đạo đức. Họ cho rằng người Công Giáo không thờ cúng ông bà là một đe dọa cho sự thuần nhất của quốc gia".
Có ít nhất 3 lý do khiến các vua Minh Mạng, Thiệu Trị và Tự Đức có chánh sách khắt khe với Công Giáo.
1. Nguyên nhân thứ nhất là chính trị, có lẽ là nguyên nhân quan trọng nhất. Vua Minh Mạng, không phải là trưởng nam của vua Gia Long (Hoàng tử Cảnh là người kế vị đã mất tại Gia Định sau chuyến thăm viếng Ba-lê với Giám mục Bá Đa Lộc) và sự chọn ông để nối nghiệp đã bị một vài triều thần và các nhân vật có thiện cảm với Công Giáo chống đối. Cho đến ngày nay, nhiều người Công Giáo vẫn cho là sự chọn lựa này không hợp pháp, và chỉ có con của Hoàng tử Cảnh mới có quyền kế vị vua Gia Long. Sau khi lên ngôi, vua Minh Mạng tỏ sự bất mãn đối với những người đã chống đối ông. Vì vậy, việc cấm chỉ đạo Công Giáo đã không làm ai ngạc nhiên.
3. Lý do thứ ba cũng là lý do chính trị: vì chính sách bành trướng của các đế quốc thời đó nhất là nước Anh đã đô hộ Ấn độ và Miến điện trước đó mấy chục năm, và nước Pháp muốn bành trướng sự hiện diện ở Á Châu sau khi bị mất Ấn Độ vào tay Anh quốc. Các nhà truyền giáo bị coi là gián điệp và tín đồ Công Giáo bị coi như những người nằm vùng, họ không ngần ngại phản bội đất nước cho sự tự do tín ngưỡng.
Trong hòa ước 1862, Hoàng đế Việt Nam bị bắt buộc phải thừa nhận sự đô hộ của nước Pháp ở miền nam như được nêu lên ở điều thứ nhất: "Nước Nam phải để cho giáo sĩ nước Pháp và nước I-pha-nho được tự do vào giảng đạo, và để dân gian được tự do theo đạo".
Sự tự do tín ngưỡng này không được dành cho dân miền trung và miền bắc. Họ vẫn còn bị cấm bởi chính quyền. Các nhóm ái quốc điển hình là nhóm Văn Thân đã tuyên bố rằng "Tín đồ Công Giáo đã bán nước cho thực dân Pháp. Một khi những kẻ nằm vùng này bị loại trừ, người Pháp sẽ không còn hậu thuẩn nữa ắt sẽ bị tiêu diệt". Nỗ lực của họ không ngưng cho tới năm 1884 khi hòa ước Patenotre đặt Việt Nam dưới sự bảo hộ của Pháp, và sự tự do tín ngưỡng cho đạo Công Giáo được bảo đảm dưới hòa ước Giáp Tuất (1874) được tái xác nhận và thực thi. Giáo hội Công Giáo không bao giờ mất "sự tự do giảng đạo" và tiếp tục bành trướng trong thời gian Pháp thuộc. Vào năm 1932, Việt Nam có 13 giáo phận và tất cả đều do các giám mục ngoại quốc đảm nhiệm. Giám mục đầu tiên của Việt Nam là đức cha Nguyễn Bá Tòng được nhậm thánh chức vào năm 1933. Đây là một biến cố lịch sử cho hàng giáo phẩm Việt Nam vì trong gần bốn thế kỷ, những nhà truyền giáo Âu châu không cố gắng đào tạo những người lãnh đạo cũng như những linh mục trong nước theo tinh thần của các thánh đồ vào thế kỷ thứ nhất.
Trên thực tế, Công Giáo là tôn giáo có tổ chức, hệ thống nhất ở Việt Nam ngày nay. Với 1.454.842 giáo dân ở miền nam và 833.468 giáo dân ở miền bắc, Công Giáo là một cộng đồng lớn nhất và mạnh mẽ nhất trong xã hội Việt Nam. Ngoài công việc truyền giảng và huấn luyện các giới lãnh đạo trong nước, Giáo hội Công Giáo với 24 giáo phận (orders) có được một hệ thống rộng lớn và hữu hiệu chuyên lo về vấn đề giáo dục và xã hội. Điều này đã làm cho hằng ngàn người trở lại đạo mỗi năm và đã gây ảnh hưởng sâu rộng trong giới trí thức.
(Trích dịch từ Luận án Tiến sĩ của Mục sư Lê Hoàng Phu, 1972).
(Trích dịch từ Luận án Tiến sĩ của Mục sư Lê Hoàng Phu, 1972).
